Los actuales alcaldes y prefectos enfrentan investigaciones en varios ámbitos: político, judicial, electoral y administrativo. Estos procesos buscan determinar la existencia de presuntos delitos contra la administración pública, posibles vínculos con la delincuencia organizada, incrementos patrimoniales injustificados y faltas graves relacionadas con la violencia política de género.
En el ámbito judicial, la Fiscalía General del Estado ha formulado cargos contra cinco alcaldes en funciones: Aquiles Alvarez, de Guayaquil; Vicko Villacís, de Esmeraldas; Darío Macas, de Machala; Ángela Plúa Santillán, de Jipijapa; y José Arroyo Cabrera, de Pujilí. Las investigaciones incluyen presuntos delitos como lavado de activos, peculado, enriquecimiento ilícito, delincuencia organizada y comercialización ilegal de combustibles.
El alcalde de Guayaquil, Aquiles Álvarez (RC), enfrenta tres procesos penales que se iniciaron entre 2025 y 2026. En el caso Triple A es procesado por el presunto delito de almacenamiento, transporte, envasado, comercialización o distribución ilegal de productos derivados de hidrocarburos. En el caso Goleada, por presunto lavado de activos. Además, afronta un tercer proceso por el retiro de su grillete electrónico, causa en la que es acusado del presunto delito de incumplimiento de decisiones legítimas de autoridad competente.
El alcalde de Esmeraldas, Vicko Villacís (RC), fue detenido el 3 de junio de 2026 durante el operativo Blindaje. La Fiscalía lo investiga por presunto lavado de activos, al considerar que habría adquirido varios bienes inmuebles entre 2020 y 2025 cuyo origen patrimonial está bajo investigación.
Ángela Plúa Santillán, alcaldesa de Jipijapa, del movimiento Pachakutik, fue detenida el 25 de junio de 2026 en el operativo Digitador. La investigación la vincula con una presunta estructura delictiva dedicada a la emisión y cobro irregular de trámites de tránsito.
José Arroyo Cabrera, alcalde de Pujilí, quien llegó al cargo mediante la alianza Revolución Ciudadana–Izquierda Democrática–Partido Socialista Ecuatoriano (RC-ID-PSE), fue detenido el 7 de agosto de 2025 en el caso Ornato Municipal. La Fiscalía lo procesa por presunto peculado relacionado con la contratación y ejecución de obras públicas en las que se habrían detectado irregularidades.
Por su parte, el alcalde de Machala, Darío Macas, fue detenido el 6 de julio de 2026 por presunto enriquecimiento ilícito. Según la investigación fiscal, sustentada en información de la Unidad de Análisis Financiero y Económico (UAFE), existiría un incremento patrimonial que habría sido canalizado a través de empresas familiares, varias de ellas presuntamente de papel, además de posibles irregularidades en dependencias administrativas del Municipio de Machala.
Investigación en la Asamblea
El control político sobre los gobiernos autónomos descentralizados (GAD) también llegó a la Asamblea Nacional. La bancada oficialista Acción Democrática Nacional (ADN) promovió la aprobación de dos resoluciones que encargaron a las comisiones de Régimen Económico y de Gobiernos Autónomos Descentralizados la apertura de procesos de fiscalización sobre el patrimonio de alcaldes y prefectos, así como sobre presuntas irregularidades detectadas por la Contraloría General del Estado.
La Comisión de Régimen Económico, presidida por Nathaly Farinango (ADN), es la encargada de analizar los informes de la Contraloría que contienen indicios de responsabilidad penal (IRP) relacionados con municipios, prefecturas y juntas parroquiales, identificar las principales irregularidades detectadas en la administración de recursos públicos y en los procesos de contratación, así como conocer cuántos expedientes fueron remitidos a la Fiscalía para el inicio de investigaciones penales.
Aunque la resolución no fijó un plazo para la entrega del informe final, la comisión ya inició las comparecencias. La primera fue la de la subcontralora general del Estado, Gabriela Sulca, quien presentó un balance de las acciones de control ejecutadas entre 2016 y 2026.
Durante ese periodo, la Contraloría emitió 5.203 informes de control relacionados con los GAD: 4.429 informes generales y 774 con IRP.
Del total, la Sierra concentra el mayor número de informes, con 2.173 generales y 314 con IRP; la Costa registra 1.416 informes generales y 288 con IRP; la Amazonía acumula 794 informes generales y 171 con IRP; mientras que Galápagos reporta 72 informes generales y un solo informe con indicios de responsabilidad penal.
Según la Contraloría, las principales observaciones corresponden a procesos de contratación pública, prestación de servicios, contratación de consultorías y contratos de comunicación, publicidad y propaganda ejecutados bajo regímenes especiales.
La presidenta de la comisión, Nathaly Farinango, informó que ya fueron enviados los requerimientos de información a las instituciones competentes. En los próximos días se convocará a los representantes de la Fiscalía para que informen sobre el estado de los expedientes originados en los informes con IRP.
Luego serán invitados delegados de la Asociación de Municipalidades del Ecuador (AME), del Consorcio de Gobiernos Provinciales del Ecuador (Congope) y del Consejo Nacional de Gobiernos Parroquiales Rurales (Conagopare). De considerarlo necesario, la mesa también convocará a los alcaldes y prefectos cuyos casos registren mayores alertas, aunque su comparecencia será voluntaria.
Paralelamente, la Comisión de Gobiernos Autónomos Descentralizados, conoció el 8 de julio pasado la resolución aprobada por el pleno el 23 de junio, donde concede un plazo de 90 días para fiscalizar los presuntos incrementos patrimoniales injustificados de alcaldes, alcaldesas, prefectos y prefectas.
La presidenta de la mesa, Lucía Pozo, dijo que este jueves ya solicitaron a la Contraloría las declaraciones juramentadas de inicio de gestión de los alcaldes y prefectos cuya gestión inició en el 2023. También se pedirá información al Ministerio del Trabajo, al Servicio de Rentas Internas (SRI) y a la UAFE, con el fin de cruzar la información y en el caso de detectar irregularidades y no concuerdan los ingresos y actividades particulares, se elaborará el informe que sea vinculante para que la Fiscalía investigue.
La legisladora aclaró que la investigación no parte de un listado de alcaldes y prefectos, aunque dijo que existen investigaciones periodísticas que pueden dar una pauta para el proceso de fiscalización, pero se elaborará una nómina integral donde saltarán las alertas. Incluso se revisarán los patrimonios de sus familiares hasta un segundo grado de consanguinidad y afinidad.
También se llamará a las autoridades de control. Pozo dijo que esto no se convertirá en un escenario de persecución a los alcaldes y prefectos en medio de un ambiente preelectoral, pero a renglón seguido afirmó que de este proceso de revisión patrimonial nadie se salva. Además informó que habilitaron el correo electrónico: gadtransparente@asambleanacional.gob.ec para recibir las alertas de la ciudadanía.
Casos en el Tribunal Contencioso Electoral
El frente electoral también ha alcanzado a varias autoridades locales. En los últimos meses, el Tribunal Contencioso Electoral (TCE) ha emitido sentencias que suspenden los derechos de participación política de alcaldes y prefectos por infracciones electorales, principalmente relacionadas con violencia política de género.
Uno de los casos más relevantes es el del alcalde de Cuenca, Cristian Zamora. El 9 de junio de 2026, el pleno del TCE ratificó la sentencia de primera instancia emitida por el juez Joaquín Viteri, quien lo declaró responsable de cometer violencia política de género contra la concejala Diana González.
La sanción incluye la suspensión de sus derechos de participación política durante seis meses, una multa equivalente a 25 salarios básicos unificados ($ 12.050), además de medidas de reparación integral y garantías de no repetición.
Otro caso es el del prefecto de Chimborazo, Hermel Tayupanda. El 7 de julio de 2026, el juez electoral Guillermo Ortega resolvió, en primera instancia, suspender sus derechos de participación política por seis meses tras determinar que incurrió en una infracción electoral muy grave por violencia política de género contra la viceprefecta Mónica Loza.
La defensa del prefecto anunció que presentará recursos de ampliación y aclaración antes de interponer una apelación ante el pleno del TCE.
También está el proceso en el TCE contra el alcalde de Portoviejo, Javier Pincay. El 30 de junio de 2026, el pleno del Tribunal rechazó la apelación presentada por el funcionario y dejó en firme la sanción que suspende sus derechos de participación política.
La causa se originó el 16 de abril de 2026, cuando el juez Joaquín Viteri determinó que Pincay cometió una infracción electoral al no asistir, en calidad de candidato, a los debates obligatorios durante las elecciones seccionales de 2023.
Las decisiones del Tribunal Contencioso tienen un efecto político inmediato. Tanto Cristian Zamora como Hermel Tayupanda y Javier Pincay habían manifestado su intención de buscar la reelección en los próximos comicios seccionales, un escenario que ahora presenta dificultades para estas tres autoridades cantonales y provinciales.
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